1、由于建造房屋所在的集体土地性质以及购买者的城镇户口问题，可能会导致房屋购买合同无效。根据1999年5月国务院办公厅颁布的《关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》以及2004年11月2日国土资源部颁布的《关于加强农村宅基地管理的意见》等行政规章的规定，是禁止城镇居民购买农村集体所有土地制土地上建造的房屋的。虽然在《土地管理法》这样法律层次的文件中并没有明确性的禁止性规定，但是城镇居民在购买“小产权房”时仍有可能会因为“违反法律、行政法规的强制性规定”而导致合同无效。如果购买合同真的被判无效，会产生互相返还，并恢复原状的法律后果。对于购房者而言，其投入的时间、精力、金钱、装修以及丢失的机会成本都将得不到有效弥补。

   2、如果购买的“小产权房”没有建设工程规划许可证和建设工程施工许可证，那该“小产权房”将涉嫌违法建筑，可能会面临被拆除的巨大风险。如上述案例，如果经规划部门规划，主要为旧城改造项目，并有可能在将来取得房屋所有权证的房屋，原则上法院会根据《物权法》的相关规定，认定买卖合同有效。但是如果是未经行政部门许可，没有办理任何审批手续，就系出卖人私自建造出卖，应为违法建筑，依法应予拆除，其买卖合同也是无效的。例如：2010年5月，北京延庆县村委会与北京广泽投资公司合作开发的51楼楼房，就涉嫌违法占地，政府做出没收51栋全部房屋，并处于227万元罚款的行政处罚。如消费者购买了此类房屋，其权益就像空中楼阁一样，岌岌可危。

   3、由于国家政策的限制，“小产权房”不能取得房管局颁发的房屋产权证，买卖合同双方享有的仅仅是债权，购买方的物权将得不到任何保护。长期以来，“小产权房”的问题一直游走在法律的边缘，国家相关部门也曾多次下定决心对“小产权房”市场进行清理整顿。为解决历史遗留问题，对部分拥有建设工程规划许可证和建设工程施工许可证的“小产权房”颁发过大产权证，承认其物权地位。但是，在2012年2月21日国土部召开的《2011年房地产用地管理调控和集体土地建公租房情况》新闻发布会上国土资源部执法监察局巡视员王宗亚就明确表示：“小产权房将不予确权登记，不受法律保护。国土资源部将会在全国开展小产权房清理工作。”这代表，从今年起国家将收紧“小产权房”的政策，“小产权”想转化成“大产权”已无可能。

   如果购房者拥有仅是集体经济组织自行颁发的房产证，该证在物权保护上没有任何作用，仅是对双方债权身份的一种确认。虽然消费者支付了全部的购房款，但房屋的物权仍属于集体经济组织的。换言之，消费者出钱买了房，住得却是别人的房，随时都将面临被驱赶的危险。

   再则，因为没有物权凭证，无法办理物权变动手续，“小产权房”也不能在房地产市场上自由流通。购房者想要转让时，只能寻找同意接受合同债权的买家交易，这对双方权利都将带来新的法律风险。

   4、“小产权房”建造缺少相应的行政部门监管，当出现房屋交付延迟、房屋质量、装修、物业管理、后续售后服务等诸多问题时，消费者的维权之路都将极其艰难，权利可能根本得不到保护。

   5、如遇到征收或拆迁时，购房者将面临无法拿到补偿款，房屋被拆，流离失所的境地。根据我国《物权法》的相关规定，征收集体经济组织的土地应给予的补偿款主要有土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费等费用。这些费用均是给集体经济组织或集体经济组织成员的。而“小产权房”的购买者多是城镇居民，从法律上而言，并没有直接领取补偿款的资格。征收或拆迁发生后，消费者只能凭借房屋购买合同向集体经济组织或成员主张补偿。但此时集体经济组织或成员多会主张买卖合同无效，只愿意返还最初的购房款，购房者的利益将受到极大的损害。

   当然，针对某些建造时间较长，已经形成成熟社区的“小产权房”，政府主管部门有可能会要求其补交土地出让金或相关税费，通过变更土地使用性质，将房屋产权合法化。但对新增的“小产权房”国家政策必定会严格控制，鉴于以上法律风险，购房者购房时一定要慎重。

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