从理论上讲，部门行政职权相对集中既有直接的改革对象，又以其内嵌于行政体制改革之中所应当具有的制度整合特质，这构成了推行部门行政职权相对集中的正当缘由：

1.部门行政职权相对集中有直接的改革对象

部门行政职权相对集中主要是为了解决行政权力在横向配置上产生的问题，行政权力在横向上配置不科学、不合理，暴露出行政体制的弊端，主要体现为：政府职能转变不到位与职能交叉、整合度低；机构设置重叠与行政组织结构不尽合理；行政职权分割与交叉、运行机制不畅，由此导致部门林立、权责不清、多头管理、争权夺利、扯皮推诿、协调困难、效率低下。这些构成了部门行政职权相对集中所要直接解决的问题。既有的行政体制是以职能分工为标准的部门行政体制，各部门集决策、执行和监督权为一体，自定规则，自己执行，自我监督，这种权力集中模式的弊端逐步显现：其一，部门权力利益化。政府部门既有决策权又有执行权，难以避免政府在政策法规的制定与执行过程中不从部门利益出发，运用各种手段为本部门谋得好处，致使社会公共利益、公民权益受到侵害；其二，政府权力部门化。现有的决策模式是政府将权力“下放”给部门，由部门来议定、协商、起草，政府盖章发文，然后由部门照章执行。从某种程度上说，政府权力演化为部门权力，形成“弱政府、强部门”的格局。这样就形成了政府权力部门化、部门权力利益化、部门利益法定化链条;其三，行政组织结构不合理，一些部门职责权限关系不清晰，权责脱节，一些部门职能权限交叉、职能设置模糊，由此造成一些部门之间争权夺利、扯皮拆台、推脱责任，内耗严重，降低了行政效能，增加了运行成本，影响了行政目标的实现；其四，运行机制不畅，缺乏有效的协调机制，决策的科学化、民主化有待加强，部门权力监督不力，行政监督机制有待强化。有学者指出，经过30年的改革，正如波兰尼所言“与经济嵌入社会关系相反，社会关系被嵌入经济体系之中”，中国整个“社会的运作已经服从于市场”。其导致的后果就是部门专权、权力资本性运作、职权交叉与重叠、行政效率整体低下、行政腐败现象滋生与蔓延等。

2.部门行政职权相对集中具备整合功能

中国的行政体制改革，始于经济体制改革的带动，又处于经济体制改革与政治体制改革的总体链条之联结点位置——为经济体制改革走向深入突破行政体制的瓶颈之困，也为顺利推进政治体制改革创造必要的平台。中国的改革，在宏观上，已经从经济体制改革带动其他改革向以行政管理体制改革为中心的战略性转变，从单纯的行政体制改革走向经济、政治、行政和社会体制改革的配套整合和整体联动。而就行政体制改革而言，已经在权力、职能、机构、过程和机制等各个方面实现了初步的优化，对经济体制改革有了较强的适应性以及积极的反作用，通过“行政吸纳政治”为政治体制改革创造条件，同时带动和促进社会管理体制改革。但随着改革开放的进一步深化，步入深水区的行政体制改革遇到了诸多阻力，各种矛盾错综复杂，这导致了现阶段行政体制改革渐进性、艰巨性和过渡性的总体特征。而从单纯的机构精简转向政府职能转变和职能组合的内涵式改革，从由单项改革到综合改革，由局部探索到整体推进，由改革旧体制到建立新体制转变，凸显制度整合与机制创新同步并进，则是深化行政体制改革的下一步转向。镶嵌于行政体制改革链条之中的部门行政职权相对集中改革模式的建立，在宏观上，也正是服务于这样一种多重目标结构：一方面，适应建立社会主义市场经济体制的需要，精简政府机构，转变政府职能，理顺政企关系，提高行政效率，从而加强政府对市场经济发展过程的宏观调控和引导服务；另一方面，适应建设有中国特色社会主义民主政治的要求，切实解决权力高度集中和某些权力错位现象，加强对国家权力的监督和制约，加快社会民主化进程；同时也与社会管理体制改革相配套，形成政府与社会对公共行政事务的合作治理。在微观上，部门行政职权相对集中是对既有的相对集中行政处罚权、相对集中行政许可权、大部门体制改革以及西方行政决策和执行相分离的改革实践经验进行总结和借鉴的基础上提炼而成的改革模式，尽管这些改革实践也是针对现实行政体制所凸现出的弊端而进行的改革与创新。它在内涵上包容这些改革实践而又超越于这些改革实践，展现出事务性行政职权相对集中、地域性行政职权相对集中、同质性行政职权相对集中、事务性与地域性组合型行政职权相对集中等多样化表现形态，从而显现出部门行政职权相对集中改革模式灵活的适应能力和高度的整合功能。另外，部门行政职权相对集中改革模式，依然能实现与政府职能转变、行政组织结构优化、行政职权合理配置以及行政运行机制创新四位一体的联动。

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