公序良俗原则是约束民事行为的最低要求，也是维护国家利益和社会利益的根本要求。在适用的问题上，因为法律环境等各方面因素的影响，存在着理论与司法实践的差异。（一）公序良俗原则的理论适用法律原则是法律上规定的用于进行法律推理的准则，与法律规则相比，虽然不具有确定的事实状态与法律后果，但是在创制、理解和适用法律的过程中，起着必不可少的指引与补充作用。对于其适用问题，学理上一般认为法律原则是高度抽象概括的，如果擅加利用就会过分扩大法官的自由裁量权，从而不能保证法律的确定性与可预测性。因此，在存在法律规则且法律规则正当时，是不可以直接适用法律原则的。只有在两种情形下是可以直接适用的：一是穷尽法律规则方可适用；二是除非为了个案正义，否则不得舍弃规则而适用法律原则。同时，适用法律原则还应当遵循一定的方法，主要是衡量各法律原则同时适用出现冲突时的取舍问题。“公序良俗”原则作为民法的基本原则之一，站在法的要素的角度，亦属于一种法律原则，因而它的理论适用也应当遵循一般的法理中法律原则使用的规定。也就是说，一般情形下，公序良俗原则只可作为基本准则指引着民事立法、民事行为和民事司法等活动，而不得在规定的特殊情形之外直接适用于具体的民事案件。从民事领域，这两种特殊情形也就是：相关的民事领域的法律没有作出规定以及为维护个案的正义问题。（二）公序良俗原则在司法实践中的适用社会的瞬息万变，总使得实践在理论的指引下全速前进，而理论却又不再跟得上实践的脚步，实践与理论慢慢出现了偏离，公序良俗原则在司法实践中也出现了类似的问题。当前，在我国的司法实践领域，该项原则的适用主要存在几个方面的问题。第一，对违反公序良俗原则的行为的判定问题。前文已述及，我国法律并没有明确规定“公序良俗”的概念，而是代之以“社会公共利益”、“社会公德”的规定，但是在整个法律系统中也没有对这两个概念的明确界定。作为抽象的法律原则，在判定时本就受到了价值、思考方式、社会影响等因素的影响，再加上我国对其概念以及判定标准并未作出明确规定，这就使得原本就极少直接适用的原则在司法适用的过程中了加大了难度。其困难主要体现在“公序良俗原则”与基本的社会道德的界限上，虽其本质区别是一个时法律化的道德底线、一个是普通的社会规范，理论上较好区分，但又难免使用过程中的“意外”情形。这就有涉及到了适用的公正性问题了。第二，适用原则的公正性问题，这个问题在一定程度上是“判定难”问题的延伸，也就是前文所说的“意外情形”，主要是指法官的自由裁量权问题。时下，我国司法实质的不独立，法官徇私枉法的情形时而发生，法官的法官法律素养不高的实例比比皆是。在这些诸多因素的影响下，出现了适用原则不公正的情形，如：在本不该适用“公序良俗原则”的情形下适用原则断案；适用原则时滥用自由裁量权轻判或重罚等。第三，适用原则的合理性问题，这在实践中主要是指，在适用原则时解决该原则与其他基本原则的冲突问题时衡量不均的情形。在民法的其他五项基本原则中，与“公序良俗”原则冲突最大的就是“自愿”原则，也就是“意思自治”原则。每项原则都有自己的价值追求，如“意思自治”原则追求的是个人自由和自主，“禁止权力滥用”强调公平和正义，“公序良俗”原则追求的则是社会的秩序。每项原则的价值大小并不能通过量化来排行，不能妥善解决原则冲突，就导致了适用原则合理性问题的出现。在这里，“泸州二奶案”中舍弃明确规定的法条，遗忘“意思自治”的原则，而以“公序良俗原则”断案的作法并不受到赞同。
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