《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十一条第四款规定：“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。”

这一规定无疑即是“存疑不起诉”提法的出处。不过，司法实践中，《刑事诉讼法》虽然创设了存疑不起诉的条款，但却忽略了在存疑不起诉决定作出后，如果发现新证据消除了原来“存疑”的地方，则如何对犯罪嫌疑人进行追诉的问题。或许是基于补充这一漏洞的考虑，《人民检察院刑事诉讼规则》第405条作出了这样的规定：“人民检察院根据刑事诉讼法第一百七十一条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件时，可以提起公诉。”

然而，由于《规则》第405条规定的过于原则，以至于在司法实践中则不可避免地遭遇到了如下问题：谁发现的新证据才能使用？应该由谁依法来收集这些新发现的证据？检察机关怎样重新启动提起公诉程序？重新公诉是否应该受到诉讼时效的约束？

有这样一起故意伤害案件。公安机关将犯罪嫌疑人移送审查起诉后，公诉部门经二次退查，侦查机关仍然未能消除存在利害关系的证人证言之间存在的重大矛盾。检察机关最后作出存疑不起诉决定将犯罪嫌疑人释放。两年后，检察机关侦查监督部门在审查批捕一寻衅滋事案件时，发现该犯罪嫌疑人系前面存疑不诉一案中的目击证人，并经初步讯问证实了故意伤害案犯罪嫌疑人系具体实施伤害行为人的事实。于是，侦查监督部门立即向检察长进行报告，经研究决定交由公诉部门进行调查固定证据，并在全面查证属实后依照《人民检察院刑事诉讼规则》第24条的规定：撤销了原存疑不起诉决定，重新将故意伤害案被告人提起公诉。

这起案件比较特殊的地方是检察机关内部发现了新证据后，再启动公诉程序是乎没有什么程序障碍。但是，如果本案的新证据系被害人或公安机关发现的怎么办？作为了一追诉讼程序因存疑不起诉已告终结的案件，很显然公安机关即使发现新证据其也没有再启侦查程序进行收集固定证据的权力，更不用说被害人或其他案外人了。在这里，唯一可行的就是由发现新证据者将相关线索告知或移送到人民检察院，由检察长或检察委员会决定按照申诉类、移办交办类案件的处置方法进行调查取证，尔后根据取证情况进行研究决定是否启动重新追诉程序-----即撤销存疑不起诉决定改为提起公诉。

当然，不论是谁发现新证据，也不论是由检察机关哪个部门进行调查取证，在正式撤销原不起诉决定恢复起诉程序后，都必须由检察院公诉部门依照刑事诉讼法对证据合法性的要求，将相关新证据材料进行合法性转换，并通过全面审查符合刑诉法规定的起诉标准时才能提起公诉。在这里，决定对新证据调查核实和重启起诉程序的决定者只能是检察长或检察委员会。因为只有这样才能确保此项工作的合法性与严肃性。

实际操作中，还有一个问题就是，发现新证据后重启起诉程序是否要受追诉时效限制的问题。司法实践中，一般情况下，作出存疑不起诉决定的案件在较短时间很难会发现新的证据。如果一起轻伤害案件经数年或更长时间之后才发现新证据，再对犯罪嫌疑人重新追诉的话，按照我国〈刑法〉追诉时效的规定原则与精神，是否有过度追诉之嫌？也就是说对存疑不诉案件当事人是否应该考虑设定一个重启追诉时效的问题。对此，没有任何权威部门作出过任何有效力的具体解释。

按照《刑法》追诉时效的理论来理解，犯罪嫌疑人因存疑不起诉而未受到刑事追究，有很大因素是因为犯罪嫌疑人不认罪有意脱罪和逃避追究所导致。因此，这种情形类似于《刑法》第88条“追诉时效延长”条文中“司法机关立案侦查以后逃避侦查或审判的、不受追诉时效的限制”这样的规定。综上，笔者认为，只要发现的新证据在查证属实后能够认定犯罪事实存在，就应该重启追诉程序。

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